治疗方法的不同，治疗费用也不相同。肛瘘手术费用大约3000元-10000元左右。传统的肛瘘手术，如肛瘘的切开、肛瘘挂线手术费用大约2000元-3000元左右，新的肛瘘手术，如生物蛋白胶填塞、生物栓填塞等，材料费用较贵，肛瘘手术费用大约9000元-10000元左右。