单纯性肛瘘的手术方式包括瘘管切除术，直接将瘘管切开，瘘管剔除术，探针从瘘管内口进入，从外口穿出，结扎瘘管，缓慢切除，治疗效果较彻底。高位复杂性肛瘘，如海底漏，需要2-3次分期手术治疗，因一次性切除术易损伤直肠环，而影响肛门功能。