新生儿肛周脓肿往往与先天原因有关，大多发生在出生后的一周左右，公认的主要原因考虑是宝宝的雄性激素过多所引起的，因此肛周脓肿的患儿绝大多数是男性宝宝，其它原因还包括新生儿肛周皮肤及直肠黏膜娇嫩、局部免疫功能发育不成熟、黏膜屏障功能不完善，容易被干结的大便、局部浸渍的尿便或粗糙的尿布等因素损伤，导致直肠隐窝和肛管皮肤被致病菌感染。