肛瘘不能自愈。因此必须手术治疗。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿．手术原则是将瘘管全部切开，并将切口两侧边缘的瘢痕组织充分切除，使引流通畅，切口逐渐愈合。对于距肛门3至5cm内，有内外口低位或高位单纯性肛瘘可以采取挂线疗法，改制了方法也可以作为复杂性肛瘘切开，切除的辅助治疗手段。此外必要的抗炎药物治疗也很重要。