复杂性肛瘘在肛肠科中属于大手术，其手术难度常见原因如下，复杂性肛瘘内、外口较多，且不易找到，往往需借助影像学检查，如盆腔磁共振、腔内B超确定位置，肛门直肠位置狭小，手术器械操作困难，手术耗时长，为保护肛门直肠环境，手术往往需进行两个多小时。