肛门闭锁的原因包括基因的突变、环境的污染，还有遗传因素，有基因因素，有胚胎发育因素，有药物和其他的，本身的是一种综合征的一种表现。先天性肛门闭锁，往往40%到70%左右，合并有其他畸形。包括比较常见的是泌尿道畸形，还包括脊髓、脊柱、脑骨，或者是心脏、食道等，其他各个部位的合并畸形。