肛瘘的主要症状为肛周反复流液与肿痛。流液包括脓性、血性或者粘液性分泌物。由于分泌物的刺激，会导致肛门部潮湿瘙痒，严重的会形成肛周湿疹。肛瘘外口愈合后，如果瘘管内有急性感染，会感到明显疼痛，严重的可伴有发热、寒战、乏力等全身感染症状，当脓肿穿破外口时，疼痛症状就会缓解。有些高位肛瘘因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，会常有粪便以及气体排出。