肛门镜检查是会有疼痛症状的，但是这种疼痛症状是可以耐受的。如果医生帮忙做好了充分的润滑扩肛准备，疼痛症状是很轻微的，而且主要是以胀痛为主。如果确实畏惧肛门镜检查，或者不能够耐受肛门镜导致的疼痛，但是必须进行此项检查时，就可以通过静脉麻醉下肛门镜检查，麻醉后再进行肛门镜检查，就不会有任何疼痛和不适感。