肛瘘手术有复发的可能性，至于肛瘘手术术后复发率的高低，和具体病情有关。肛瘘按照病情轻重程度，大致分为两类：高位复杂肛瘘。这类肛瘘往往病情比较重，术中并发症比较多，术后创面比较大，术后恢复比较慢，术后复发率也比较高。低位单纯肛瘘。这类肛瘘术中并发症少，术后创面小，术后并发症也少，术后恢复时间比较短，复发率比较低。