肛瘘的发病很复杂，现在机理不明确，临床上主要以肛腺的感染为主，肛腺长在肛门内，一般看不到，而且肛腺它的作用，跟腮腺的作用是一样，会分泌一些液体软化大便，肛腺口张开细菌进去以后就容易造成感染。这种感染首先表现的是肛周脓肿，就是肛门周围起疖子，但是大部分离肛门近的疖子，基本上都考虑是由肛周感染而来，必须要手术。