肛瘘不做手术很难自行愈合，保守治疗往往不能凑效。如果害怕做大的手术，可以给予挂线疗法。如果肛瘘长期得不到去根的治疗，慢性炎症的不断刺激，具有一定的恶变倾向。临床很多老年性肛门癌有肛瘘病史，常见有鳞癌和粘液腺癌，恶性程度均较高。