一般肛瘘主要症状表现有肛周脓肿，有些表现流脓血，瘘口感染时表现出肛门瘙痒，前期一般不疼，当脓液集成于管腔内引流不畅时，局部肿痛，当脓液流出后疼痛马上减轻，由于皮炎，湿疹刺激引发的瘙痒也是肛瘘的一种症状。复杂的肛瘘常有排便困难、贫血、身体消瘦等症状。