肛肠镜检查没有严重的痛苦，部分人会感觉轻微不适。痛苦的程度决定因素如下：肛周本身的疾病种类。如果是肛裂或者肛周脓肿，则痛苦较重一些，如果是单纯的痔疮，没有嵌顿则痛苦轻一些。病人本身的敏感程度，敏感程度越高，痛苦越明显。操作的轻柔程度。操作的手法越轻柔，痛苦就会越小。设备的先进程度。操作的设备越先进越符合人体的生理情况，则痛苦越轻。