相比胃镜，肠镜检查更加痛苦.一方面由于肠道走形更加多变，长度更长，因此检查所需的时间较胃镜更长，有可能需要半小时，而胃镜仅需要5-10分钟.另一方面在肠镜检查的过程中，还需要不断的注入空气或生理盐水，因此可能会持续出现腹痛、腹胀的情况.而胃镜在检查过程中，一般经过舌根至咽喉部会出现较为明显的恶心症。