观察部位不同：小肠镜主要观察小肠病变。大肠镜可以观察直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠，镜头可以插至末端回肠约20-30公分；小肠镜操作费时：大肠长度约1.2-1.5m，小肠长度约5-6m，所以小肠镜检查费时费力，医生操作难度较高，通常需要两只镜子分别从上下插入对接，以达到全方位观察小肠的目的。