鉴别高位肛瘘和低位肛瘘要看肛瘘的位置偏高或偏低，高位肛痿与低位肛痿的区别在于，高位肛痿是指痿管已经达到坐骨直肠间隙，或者骨盆直肠间隙。低位肛瘘是指瘘管的位置比较浅，多在括约肌间隙，皮下脂肪间隙，或者肛门后间隙。两者手术方法不同，高位肛痿手术比较复杂。高位肛瘘一般比较复杂，通常可能有2-3个甚至更多的外口。低位肛瘘通常只有1个外口。