高位复杂性肛瘘术后复发率较高，早期挂线手术复发率约为20%-40%，国外切除瘘管保留括约肌术复发率约为20%。目前倾向于将瘘管全部切除，保留重要括约肌，手术复发率较低，约为1%-2%。认为高位复杂性肛瘘是难治性病，术后复发率较高，可能沿着肛门呈马蹄形，术前较难以明确其具体分支。常见高位复杂性肛瘘主要包括外口、内口，甚至可达到骨盆直肠窝。