肛瘘形成的原因主要是因为肛窦感染以后，肛窦炎导致肛腺管开口充血、水肿，肛腺内分泌物排出不顺畅，导致的感染向直肠或者是肛管方向扩散，如果扩散到肛门，容易形成肛周脓肿，脓肿破溃以后形成外口，就形成了肛瘘；肛瘘形成的原因还有可能是外伤、手术等引起，有时候进行灌肠、肛门镜检查的时候可以损伤肛管直肠，造成细菌入侵或者引起感染；另外，不良的生活习惯、饮食习惯也是肛瘘的原因之一。