肛瘘不治疗会造成很多问题，比如肛瘘流脓，脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤摩擦、痛痒，非常痛苦，影响工作和学习。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙，蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。