肛瘘或者肛周脓肿的主要发病原因有：感染因素。通常是会多种致病菌混合感染所引起的。医源性因素。在直肠周围注射药物，尤其是化学性的药物，会刺激直肠从而引起组织坏死的情况，会导致直肠周围出现脓肿。或者是在做乙结肠镜检查时，有可能会造成直肠的感染，从而引起直肠后间隙出现脓肿。3、手术因素。如在进行了肛肠、会阴、尿道等部位的手术后出现了感染，会导致直肠周围出现脓肿。