肛周脓肿破溃后由于不及时的治疗而出现肛瘘，疾病的治疗，手术治疗是主要方法，手术治疗的目标是根除瘘管，同时保持肛门控制大便的能力。手术方法取决于瘘管的位置不同。所以，肛周脓肿的治疗，一般抗生素治疗效果不佳。主要选择手术治疗，手术治疗方式包括直接切开排脓，缓解发病时症状，二期再行肛瘘治疗；当然，随着医学的进步，很多肛周脓肿也是采取一次性治好的方法进行治疗的。