肛瘘手术一般创面较大，伤口较深，该局部血管丰富，因而血管损伤较多，经常损伤肛门括约肌，导致排便失禁，普通的并发症就是水肿，尿潴留等轻微疾病。可发生术后出血。为此，在手术中一定要结扎明显的出血点，对深部不易结扎的血管，要电灼止血，查无出血后，以纱布填充，加压包扎止血。而对仍有出血者，应打开创面，重新止血。