临床上肛瘘有两种治疗方法：堵塞法：无创伤无痛苦，适合于单纯性肛瘘。手术治疗：原则是将瘘管切开或切除，形成敞开的创面，促使愈合。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，避免肛瘘复发。肛瘘难以自愈，不治疗会反复发作并形成直肠肛管周围脓肿，因此绝大多数肛瘘需手术治疗。