脓肿切开后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘口，适当切除皮肤和皮下组织，轻轻切除内口周围组织，使引流畅通。如果内口较深，瘘管穿过肛门括约肌，可采用拉线治疗。以上手术的优点是脓肿一期治疗，不形成肛瘘。然而，在急性炎症时，当很难找到内口时，不应盲目寻找，以免炎症扩散或形成假通道，只做切口和脓液，然后在肛瘘形成后再做肛瘘手术。二期手术的优点是效果准确，治疗率高。