中医认为肛瘘的病因病机大体有三种情况。一是外感风、湿、热、燥、火等六淫邪气，顺胃肠传于下部，使肛门肿满，“结如梅李核”，然后转变为肛瘘。所谓“结如梅李核”，是讲在肛门边缘鼓出如梅核或李核大小的硬结。二是久痔不愈毒气聚结肛边，疮口不合，时流脓血而成瘘。还有是因为吃辛辣食物导致的。