一般治疗肛周脓肿仅需一次手术就能有效果，肛周脓肿是肛瘘的早期阶段，由于感染源部位（内口）多不明显，所以在治疗方法不全同于肛瘘，目前通行的办法是两次手术，即首先切开排脓，待数月后内口明显、瘘管形成再按肛瘘论治。本病手术的两个关键依然如何寻找内口和保护肛直环一般不影响性生活。