治疗方法就是用手术治疗的，瘘管里是感染的，是不可能自愈的。只用手术治疗，将里面感染的部分清除掉，才能生长出新的组织才能愈合的，临床上肛瘘分为简单瘘和复杂瘘两种，每种肛瘘又分为低位瘘和高位瘘。简单肛瘘只有一个内口和外口，复杂肛瘘则有多个管道和外口。在专业领域里划分高低位肛瘘的原则主要是根据瘘管的走行确定的，瘘管超过肛门直肠交界处(又称为齿状线)为高位肛瘘，反之则称为低位肛瘘。避免辛辣刺激的食物。