肛瘘是由于肠道内细菌感染，“肠道菌”是源头，是致病的要素。“肛窦”是感染的入口，也是脓肿和成瘘后的内口。“肛腺”是感染的途径，它先发生感染，然后蔓延。“肛周间隙”是最终的发病部位。肠道菌进入肛窦致其发炎，堵塞肛腺开口，致肛腺液流出受阻，引起肛腺感染，感染通过肌间隙、淋巴管蔓延至肛周间隙，最后形成肛管直肠周围脓肿。