肝总管与胆总管之间主要差别的部位不同，汇接处不一样，所导致的疾病不同。
1、部位不同：肝总管主要来自肝脏右侧和左侧肝管交汇，胆总管则主要由胆囊管交汇与肝总管交汇组成，并在十二指肠上开口。位于肝总管与十二指肠间，分为胆总管的中、上部、下部和胰腺段。
2、汇接处不一样：胆总管通常指肝总管，也有胆囊管汇接处，与十二指肠乳头相通，肝总管则主要指肝区管状通道。胆总管范围相对较小，胆管是指胆管系统的全部，但是因为肝外胆管和肝内胆管连接在一起，胆囊通过胆囊管流入胆总管中，同时肝内胆管结石进入胆总管中。
3、所导致的疾病不同：胆总管发生病变时胆汁会发生反流，导致梗阻性黄疸、胆囊病变或肝内胆管病变，一般情况下不会发生黄疸，在平时应该调整自己的生活习惯。