华西医院感染性疾病中心是我国西南地区感染性疾病疑难重症诊治中心，目前设有传染病房、感染病房及感染性疾病研究室。中心现有开放床位150张，并设有名老专家门诊、肝炎门诊、感染门诊、肠道门诊；年出院病人3500余例次，年门诊量8万余人次，其中肝炎门诊约6万人次。
传染病房主要诊治法定传染病，如：病毒性肝炎、艾滋病、流行性乙型脑炎、流行性脑脊髓炎、细菌性痢疾、伤寒等。感染病房主要诊治除法定传染病外的各类细菌、真菌、病毒、衣原体、支原体、立克次体、螺旋体、寄生虫所致的各系统感染病。尤其对发热待诊、各类耐药菌感染、导管相关性感染、免疫功能低下者（器官移植术后、长期应用免疫抑制剂者、肿瘤患者）感染、肺外结核病、寄生虫感染等诊治具有丰富的经验。