四川大学华西第二医院生殖内分泌科经过40多年的建设和发展，目前已成为西部地区规模最大的妇产科亚专业之一，主要承担妇科内分泌疾病和不孕症的相关诊断和治疗，并开展各类计划生育相关工作。
开设了生殖内分泌门诊、不孕不育门诊、更年期门诊、监测排卵、营养运动检测等特色专科门诊。科室开展主要医疗业务包括：妇科内分泌疾病（包括月经紊乱、功能失调性子宫出血、多囊卵巢综合征、围绝经期综合征、性分化异常及性发育异常等）的诊断、治疗；不孕症的诊断、治疗及显微外科的各种复孕手术；妇科内分泌疾病及不孕症的内腔镜（包括腹腔镜和宫腔镜）诊断和治疗；西部地区女节育手术并发症和妇科内分泌疑难重症的诊断、转诊、处理及抢救；各种计划生育及计划生育相关手术，各种新避孕方法的应用及推广等等。