连花清瘟胶囊可用于感冒、流感等引起的发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、头痛、咽干咽痛、舌偏红、苔黄或黄腻等症状的治疗。在新型冠状病毒感染的常规治疗中，可用于改善轻型、普通型引起的发热、乏力等。
中医讲“异病同治”，是指不同疾病，在发展过程中由于出现了相同的病机，因此可以采用同一方法进行治疗。中医认为，新冠、感冒、流感都属于外感温热病范畴，连花清瘟胶囊的组方涵盖了透表、宣肺泄热、清热解毒等作用的药物，同时具有良好的退热、抗炎、广谱抗病毒、调节免疫的现代药理作用，对于感冒、流感、新冠等疾病均可达到缓解症状、促进病情恢复的效果。