甲硝唑与奥硝唑属于同一类型，但两者的抗菌性并不相同，所以并没有绝对的优劣之分，也没有绝对的优劣之分。
甲硝唑和奥硝唑属于硝基咪唑类，主要用于治疗厌氧细菌感染。
甲硝唑可以有效的用于治疗滴虫的感染，同时还可以有效的杀死女性阴道内的滴虫，可以作为治疗滴虫性阴道炎的药物。甲硝唑是一种可以通过血脑屏障的药物，具有很好的治疗效果。如果吃了甲硝唑会对胃肠道有很大的刺激，容易导致恶心、呕吐等不良反应，建议在餐后吃，也可以在吃完之后进行局部阴道上药。
奥硝唑是一种新型的新型抗菌素，是一种用于阿米巴原虫的抗菌肽，效果要比甲硝唑更好，而且对肠胃的刺激性更弱，是阿米巴痢疾最常见的抗菌素。