巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，即卵巢子宫内膜异位症或子宫内膜异位于卵巢内，活性子宫内膜组织异位于卵巢内。但也可随卵巢激素周期性变化而变化，随雌孕激素周期性变化而出现异位子宫内膜周期性增生期、分泌期和月经期。
异位至卵巢的子宫内膜，每月随月经来潮而少量出血，但这种出血并不流出阴道，而是堆积于卵巢中。最早期卵巢子宫内膜异位症时，可仅为卵巢表面紫褐色小斑，随每月月经来潮出血渐多而产生小泡，最终形成类似卵巢囊肿的变化，囊内液体呈棕色，粘稠状，呈巧克力状，称为卵巢子宫内膜异位囊肿。