胚胎发育不良的病因，较多见染色体异常，此外还与其他一些病因有关，包括母体因素及父亲因素。
染色体异常是胚胎发育不良的主要因素，最常见的染色体异常有1、3、6、18、21或22号三体。
胚胎发育不良也与母体因素有关，如母亲妊娠时病毒感染可引起胚胎发育不良如风疹病毒及弓形虫病毒。此外若妈妈在妊娠期间存在一些不良习惯，如饮酒、吸烟、饮用咖啡等，都会对胚胎早期发育造成影响。
胚胎发育不良还可能与父亲因素有关，男性精子质量差还会提高胚胎发育不良概率。
胚胎发育不良宜按医嘱常规产检，如有胚胎停育宜及时终止妊娠。