16岁女孩月经不正常可能是下丘脑-垂体-卵巢轴功能未完善、精神压力过大等因素导致的，建议积极治疗。
1、下丘脑-垂体-卵巢轴功能未完善：一般女孩12-14岁都会有初潮，这个时候，下丘脑-垂体-卵巢轴的功能还没有完全成熟，会有月经不规律、月经量少等症状，一般要过6-8年，才会慢慢形成月经周期。
2、精神压力过大：16岁的女孩，平常生活中有很多的工作要做，这样会让自己的精神压力太大，出现睡眠不充足等现象，还会对内分泌产生影响，导致内分泌失调，性激素分泌失调，最后就会出现月经不调的现象。