妇科灌肠的好处是起到较好的治疗效果、减轻肝脏的损伤，坏处是擦伤直肠或肛门黏膜、破坏肠道内的有益菌群。
一、好处
1.起到较好的治疗效果：妇产科灌肠是一种用于盆腔炎、盆腔脓肿、子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔结缔组织炎等疾病的一种常用方法，该方法不但能有效地解决传统的口服或静脉给药时所出现的局部不能达到有效药物浓度，长期用药会引起菌群失衡的问题，还因为盆腔、子宫等器官与直肠紧邻，所以用药后还能发挥出较好的局部及整体疗效。
2.减轻肝脏的损伤：药物不用经过肝脏就能被肠道吸收，所以对肝脏的伤害很小。
二、坏处
1.擦伤直肠或肛门黏膜：在妇产科灌肠过程中，极易刮破直肠和肛门的黏膜，不但给病人带来疼痛，还容易造成出血、肠穿孔等情况，如果不注意清洁，还容易引起感染。
2.破坏肠道内的有益菌群：如果经常进行妇科灌肠，会造成肠道中的有益菌群被破坏，出现腹胀、腹泻等症状。