胚胎染色体异常通常是不能根治的。若染色体异常相对较轻，且对胎儿影响较小，则可在生后仍能正常存活。但当染色体发生严重异常时，极可能引起智力或生理上的疾病而需放弃妊娠。人工流产可发生于妊娠早期或妊娠中期。
胚胎是受精3-8周后这段时间，从最后一次月经算起，即绝经5-10周这段时间,10周后叫胎儿期。胚胎期若发生染色体异常则多数胚胎可有停止发育和自然流产。
常见胚胎染色体异常有胚胎染色体数目、结构，微缺失和微重复。若胚胎染色体数目异常时，大多在胚胎期就停止了发育，若结构异常尤其是平衡性结构异常时，通常可存活。若为结构重排失衡，则通常伴有结构，体表严重畸形，功能异常和先天畸形。