试管婴儿作为一种创伤性治疗有其危害。
取卵过程中可发生腹腔内出血而保守治疗效果不佳，应开腹止血。取卵也可引起某些副损伤如对膀胱、肠管、输尿管和血管的损害。取卵多者可表现为卵巢过度刺激，孕后可加重卵巢过度刺激，表现为腹部胀痛，卵巢肿大，平卧位呼吸困难，血液浓缩等，电解质紊乱，尿量少，严重时血栓形成而被迫结束妊娠。试管婴儿使多胎妊娠机率提高，多胎妊娠又严重危及母儿安全并需减胎。第2代试管婴儿由于并非自然受精且未经历自然界的优胜劣汰，其致病基因可能被遗传到了子代。