卵巢囊肿通常可以通过定期观察、药物治疗、手术来治疗。
卵巢囊肿需要根据其是功能性的还是肿瘤性的来选择不同的治疗方式。功能性的卵巢囊肿，通常在一个或两个月经周期后，就会自行缩小，最终消失。这些都是可以观察的，不用处理的。
如果是子宫内膜异位囊肿，需要根据患者的症状、是否有不孕、是否有生育方面的需要，可以选择用药，也可以选择做手术，如果卵巢的肿瘤性囊肿直径超过5cm，需要做手术。