甲硝唑可以用来治疗阴道的炎症，比如滴虫性阴道炎，主要治疗药物为硝基咪唑类药物。如果用甲硝唑治疗，口服药物的治愈率达到90-95%。
细菌性阴道炎的主要治疗药物也是甲硝唑，甲硝唑可以抑制厌氧菌的生长，而不影响乳杆菌的生长，是比较理想的治疗药物。全身用药首选为甲硝唑口服，在治疗的同时男方也可以口服甲硝唑片治疗，预防交叉感染。