在临床上引发卵巢囊肿的确切病因没有完全明确，可能和遗传、内分泌因素、生活方式、环境因素密切相关。对于由于高雄激素血症引起的囊肿，比如多囊卵巢综合征，可以选择避孕药来治疗，来降低雄性激素的水平。对于高雌激素的要针对病因选择治疗，治疗卵巢囊肿常用的药物有短效避孕药，比如优思明、妈富隆、优思悦等等，还有活血化瘀的药物，比如桂枝茯苓胶囊、桂枝茯苓丸、妇康炎等等药物。绝大多数的卵巢囊肿以手术治疗为主，包括丹那唑、孕三烯酮、达菲林等等药物，主要是促性腺激素释放类药物。
治疗卵巢囊肿的药物种类纷繁复杂，主要原因是卵巢囊肿的病理类型不同，所以选择的药也不同。卵巢囊肿的治疗需要考虑年龄、良恶性、囊肿大小等等因素，在临床上选择手术、药物或者其它的治疗方式。卵巢囊肿主要是发生在卵巢的良性肿瘤，大部分是良性肿瘤，但是也有少部分是恶性肿瘤，可以发生在任何的年龄阶段。囊肿的病因学不同，所以治疗的方式也不同。