女性的卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，具体原因如下：
第一、生理性囊肿，如果第一次发现，可以在月经干净之后进行复查，一般在下一次月经来潮之后囊肿就会消失，所以不需要进行处理。
第二、病理性囊肿，病理性囊肿有可能是输卵管系膜囊肿或者是在卵巢上的囊肿。一般比较常见的就是巧克力囊肿，也叫做子宫内膜异位囊肿，它是子宫内膜异位症的一种表现，囊内液是呈巧克力状。如果出现了巧克力囊肿，在手术之后一定要进行后续的治疗，因为巧克力囊肿通常会复发，治疗只能是延缓复发的时间。