停经45天B超没有发现孕囊有三种可能。一种可能是没有怀孕。如果怀疑怀孕了，可以做一下人绒毛膜促性腺激素的测定，这个对诊断怀孕是比较敏感的指标。第二种可能是怀孕的时间短。正常情况下，怀孕35天就能在B超上见到孕囊。如果排卵期延后了，那么怀孕的时间晚，在停经45天时b头上没有见到孕囊是正常的。第三种可能就是宫外孕。孕囊种植在子宫体腔以外，不容易被发现。综上所述，在通过抽血检查确定怀孕的情况下，一周以后再次复查超声。如果在这一周内出现腹痛的情况，要立即去医院，以除外宫外孕。