子宫内膜发病的原因至今尚未明确，但是有以下几个方面，最常见的是经血逆流学说。在月经时，子宫内膜腺上皮和间质细胞可以随月经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜，并且在该处继续生长蔓延，形成盆腔内的异位症，子宫内膜也可以通过淋巴及静脉，向远处播散，发生异位种植，这个称为子宫内膜异位种植学说，还有体腔上皮化生学说，诱导学说，遗传因素，免疫及炎症因素等。