怀孕三个月做引产肯定疼痛，由于这时候停经时间已比较长，而且胚胎已经成型，所以不能单纯做无痛人流手术。而是需要先服用米非司酮和米索前列醇，来刺激子宫收缩和促进宫颈软化，然后将孕囊和胎盘排出。而米索前列醇在刺激子宫收缩的时候，就会引起明显的宫缩疼痛，而且这种疼痛比较明显剧烈，同时这种疼痛会持续2到4小时左右。在胚胎排除以后，还需要行清宫手术操作，而普通清宫手术操作也会有明显的疼痛。