如果停经40天，彩超检查不出妊娠囊有2个原因：1，最常见的原因就是怀孕天数比较小。彩超尚未看出来；2，就是要排除宫外孕的可能性。因为如果平时月经是规律的，排卵期的时间一共是8天的时间，如果在排卵期的后2天同房。那么受精卵大约在月经来的那天算起第33天才着床，所以40天的时候，彩超是看不出来的。建议可以通过检测血HCG的方式，来判断是宫内怀孕还是宫外未孕。