巧克力囊肿是很难靠吃药消掉的，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，有子宫内膜存在，很难完全消失。虽然不来月经的药物能够一定程度上控制住巧囊的发展，但如果来了月经，巧克力囊肿还会重新长大，所以一般的药物保守治疗，只能是控制，而不能治愈。如果巧克力囊肿还不算很大，暂时可以先不用手术，通过药物调理，平时注意饮食。如果巧克力囊肿较大，一般大于5厘米，就需要考虑手术处理了。