继发性痛经是子宫内膜异位症的典型症状，且多随局部病变加重而逐年加剧。疼痛与病灶位置有关，多位于下腹部及腰骶部，可放射至阴道、会阴、肛门或大腿。少数患者诉长期下腹痛，经期更剧。有的患者表现为深部性交痛，卵巢巧克力囊肿破裂时，可引起突发性的剧烈腹痛，伴恶心、呕吐和肛门坠胀。其他部位有内膜异位时也可引起病变部位的疼痛。