巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上，周期性的生长萎缩坏死，而形成巧克力样囊肿。如果子宫内膜在子宫腔内生长，这属于正常的生理性表现，所以不存在子宫内巧克力囊肿的说法。对于单侧卵巢巧克力囊肿小于3㎝的女性，如果痛经症状不是特别严重，而且有生育要求，那暂时不做任何处理治疗，而是尽快备孕怀孕。如果双侧巧克力囊肿已经超过5cm，痛经特别严重，那就需要行腹腔镜手术将其切除。